Den Ofen auf 180 °C vorheizen und eine Auflaufform leicht einfetten.
Die Süßkartoffeln in einem Topf mit kochendem Wasser für etwa 10 Minuten vorgaren, bis sie leicht weich sind. Abgießen und beiseite stellen.
In einer Pfanne das Olivenöl erhitzen und die Zwiebel darin glasig braten. Den Spinat hinzufügen und kurz mitbraten, bis er zusammengefallen ist. Vom Herd nehmen.
In einer großen Schüssel die Eier, Milch, Salz, Pfeffer, Paprikapulver und Thymian gut verquirlen.
Die vorgegarten Süßkartoffeln, die Zwiebel-Spinat-Mischung und die Hälfte des geriebenen Käses in die Eimischung geben und alles gut vermengen.
Die Mischung in die vorbereitete Auflaufform geben und gleichmäßig verteilen. Den restlichen Käse darüber streuen.
Den Auflauf im vorgeheizten Ofen für 25-30 Minuten backen, bis die Eier gestockt und die Oberfläche goldbraun ist.
Vor dem Servieren 5 Minuten abkühlen lassen.