Zwiebeln karamellisieren: Schneide die großen Zwiebeln in dünne Ringe und erhitze die Butter in einer großen Pfanne bei niedriger Hitze. Lass die Zwiebeln etwa 45 Minuten lang sanft schmoren und rühre regelmäßig um, bis sie tief goldbraun und süß sind.

Spätzle herstellen: Mische in einer Schüssel die Eier, Weizenmehl, Salz und Wasser zu einem glatten Teig. Koche den Teig in einem großen Topf mit sprudelndem Salzwasser. Die Spätzle sind fertig, wenn sie an die Oberfläche steigen. Dies dauert etwa 2-3 Minuten.

Zutaten kombinieren: Nehme eine große Auflaufform zur Hand und gib die gekochten Spätzle hinein. Füge einige Butterflocken hinzu und vermische die Spätzle gründlich. Teile die geriebenen Käsesorten gleichmäßig auf die Spätzle auf und streue die karamellisierten Zwiebeln als oberste Schicht darauf.

Backen: Heize den Ofen auf 180 Grad Celsius vor. Stelle die vorbereitete Auflaufform in den heißen Ofen und backe die Mischung etwa 10-15 Minuten lang, bis der Käse geschmolzen und blubbernd ist.

Rasten lassen & servieren: Nehme die Käsespätzle aus dem Ofen und lasse sie für 3-5 Minuten ruhen. Optional mit frisch gehackter Petersilie garnieren.